Existem cinco elementos principais, que são: Fogo (Katon), Água (Suiton), Terra (Doton), Vento (Fuuton) e Raio (Raiton).
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 | Elemento principal do clã Uchiha, o katon é o elemento de grandes técnicas com o Goukakyuu no Jutsu, tem vantagem sobre o elemento "Fuuton", mas perde facilmente para o Suiton. |
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 | Elemento principal do clã Uzumaki, o Fuuton é o melhor elemento para os combates corpo-a-corpo(taijutsu), aumenta brutalmente a força do usuário, porém, é pouco eficaz contra o fogo, mas tem uma grande vantagem sobre o relâmpago, dentro do elemento "Fuuton" está a grande técnica criada por Naruto, o "Rasenshuriken". |
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 | Caracterizado pela velocidade, o elemento "Raiton" tem pouca eficácia contra o "Fuuton", porém, há uma grande vantagem sobre o Doton, como pode ser visto na luta entre Kakuzu e Kakashi na saga Shippuuden. |
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 | Um dos elementos usados por Kakuzu na saga Shippuuden, se mostrou terrivelmente fraco ao ser atacado pelo "Chidori" de Kakashi, mas tem uma grande vantagem sobre a "Água". |
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 | Elemento mostrado na luta entre Kakashi e Zabuza na primeira temporada do animê, tem grande vantagem sobre o Katon, o que faz dele o melhor elemento para enfrentar algum membro do clã Uchiha, já que o Katon é o elemento base do clã, porém, Suiton perde facilmente para o Doton. |
OBS: Além desses, existem ninjutsus que só podem ser utilizados através de Kekkei Genkai como Mokuton (Madeira) ou Hyouton (Gelo). | |
